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使用木瓜蛋白酶有效降解蛋白質底物，同時最大限度地減少細胞損傷。這種蛋白酶具有廣泛的特異性，但偏愛。天然結晶木瓜蛋白酶在被溫和的還原劑（例如、硫化物或亞硫酸鹽）作用之前是無反應性的，因此可能以酶原的形式存在。與其他相比，這種酶有助于蛋白質底物的更廣泛降解，例如軟骨中的細胞間基質蛋白。它通常比其他用于組織解離應用的蛋白酶（Huettner & Baugham;Lam） 的 Lam）。木瓜蛋白酶也用于神經組織的消化
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